“Totito”, così lo chiama suo padre Javier Zanetti, ha compiuto da poco 10 anni ed ha già alzato in cielo il suo primo trofeo. L'ex capitano nerazzurro lo ha voluto celebrare sui social, ricordando sempre che alla base di tutto ci deve essere l'amore per questo magnifico sport. 

Ha iniziato la carriera in Argentina, prima al Talleres e poi al Banfield. Nel 1995 si è trasferito all'Inter, squadra di cui è stato capitano dal 2001 al 2014, anno in cui ha concluso l'attività agonistica.

Con 1114 partite ufficiali disputate, è nono nella classifica dei calciatori con almeno 1000 presenze in carriera; è inoltre lo straniero con più presenze in Serie A (615) e il quarto giocatore in assoluto per partite disputate nella suddetta competizione, alle spalle di Gianluigi Buffon, Paolo Maldini e Francesco Totti. È anche il calciatore con più presenze nella storia dell'Inter (858), squadra di cui è il giocatore più vincente, con sedici trofei: cinque campionati italiani (2005-06, 2006-07, 2007-08, 2008-09 e 2009-10), quattro Coppe Italia (2004-05, 2005-06, 2009-10 e 2010-11), quattro Supercoppe italiane (2005, 2006, 2008 e 2010), una Coppa UEFA (1997-98), una Champions League (2009-10) e una Coppa del mondo per club FIFA (2010). È inoltre il giocatore con più presenze da capitano in Champions League (82).

Con la nazionale argentina, con cui è arrivato in finale di Coppa America nel 2004 e nel 2007 e di Confederations Cup nel 1995 e nel 2005, ha disputato 145 partite, cifra che lo rende il terzo giocatore con il maggior numero di presenze nella storia della Selección Albiceleste, alle spalle di Lionel Messi e Javier Mascherano.

Nel 2004 è stato incluso da Pelé nella FIFA 100, la lista dei 125 migliori calciatori viventi redatta in occasione del centenario della FIFA, mentre nell'ottobre del 2011, durante la consegna del Golden Foot, ha ricevuto il premio alla carriera come "leggenda del calcio". Il 9 marzo 2018, in concomitanza col 110º anniversario della fondazione dell'Inter, è stato il primo difensore a essere inserito nella Hall of Fame del club milanese, che già tre anni prima aveva ritirato la sua maglia numero 4. La rivista FourFourTwo lo ha inserito al 42º posto nella classifica dei 101 calciatori più forti del periodo 1994-2019.

Nel corso della sua carriera si è distinto per sportività e correttezza, guadagnandosi la stima di compagni di squadra, avversari e addetti ai lavori.