Fernando Couto, ex difensore della Lazio, è andato a trovare Simone Inzaghi, tecnico dell'inter per festeggiare insieme a lui la vittoria della Coppa Italia. I due hanno conquistato vari trofei insieme proprio quando entrambi militavano nella formazione biancoceleste. 

Nel 1996 viene ceduto al Barcellona, con cui si aggiudica due coppe nazionali e un titolo spagnolo. Rientra in Italia nel 1998, acquistato dalla Lazio insieme a Iván de la Peña. A contraddistinguere la permanenza nella capitale furono numerosi successi sportivi — tra i quali uno Scudetto, una Coppa delle Coppe e una Supercoppa Europea — cui fecero tuttavia da contraltare episodi discussi: squalificato per doping nel 2001 provvedimento che il calciatore contestò giudicando involontaria l'assunzione del nandrolone, nel dicembre 2002 subì uno stop di due turni tramite la prova televisiva per un calcio a Fabio Cannavaro.

Divenuto capitano biancoceleste nel 2004 ereditando la fascia da Paolo Negro, conclude in anticipo la stagione per un infortunio subìto nel maggio 2005. All'età di 36 anni fa quindi ritorno al Parma.

Nella primavera 2007 viene condannato a quattro mesi di reclusione per i fatti relativi al doping, ricevendo inoltre un'ammenda di 4 000 euro. L'ultima stagione agonistica è parimenti segnata da controversie quali la squalifica per uno sputo a Bogdani in Parma-Livorno l'espulsione nella gara con l'Inter per un discusso fallo da rigore e un pugno a Chiellini: quest'ultimo comportamento, unito agli applausi ironici rivolti all'arbitro Banti, ne causò uno stop di quattro giornate e una sanzione di 5 000 euro.

In seguito alla retrocessione parmense nel campionato 2007-08, termina la propria carriera.