Il pensiero del mister giallorosso: "Lecce, come un faro che spacca il buio"

“Ho portato dentro di me il seme di una terra che non si può dimenticare. Una città che sa essere gioia, che sa essere vento. Un popolo che respira insieme, palpita, scuote come un'onda d'inverno, spinge con una passione incontaminata e pulsante, un faro che spacca il buio e vince qualunque notte. Una terra che tinge, che marca a fuoco, di sentimento e colore”, Marco Baroni, tecnico del Lecce, ha commentato così la promozione del suo Lecce direttamente dal proprio profilo Instagram. 

Il 12 luglio 2011 diventa allenatore della formazione Primavera della Juventus; il 20 febbraio 2012 trionfa alla guida dei giovani bianconeri nel Torneo di Viareggio, superando in finale per 2-1 la Roma, cui segue il 16 aprile 2013 la vittoria in Coppa Italia Primavera, grazie al successo contro il Napoli nella doppia finale. Il 1º luglio dello stesso anno diventa allenatore della Virtus Lanciano, in Serie B. Al termine della stagione, in cui si è posizionato al decimo posto, il 13 giugno 2014 risolve consensualmente il contratto con la società frentana. Il 28 giugno diventa il nuovo tecnico del Pescara; il 16 maggio 2015, a una sola giornata dal termine del campionato, viene sollevato dalla guida tecnica dei biancazzurri, dopo la sconfitta esterna per 2-1 contro il Varese ultimo in classifica, lasciando la squadra nona in classifica e fuori dalla zona play-off, viene sostituito dal tecnico della Primavera del club Massimo Oddo. Il 23 giugno seguente viene scelto come nuovo allenatore del Novara, neopromosso in serie cadetta. A fine stagione, nonostante abbia raggiunto i play-off (dove è stato eliminato dal Pescara, poi promosso in Serie A), non viene confermato sulla panchina del club piemontese.

Il 29 giugno 2016 viene nominato nuovo tecnico del Benevento, promosso per la prima volta in Serie B. Dopo il quinto posto nella stagione regolare della Serie B 2016-2017, l'8 giugno 2017 vince i play-off e si aggiudica con il Benevento la promozione in Serie A, la prima in assoluto per la squadra sannita.

Il 23 ottobre 2017 viene esonerato dalla guida tecnica del Benevento dopo nove sconfitte consecutive in Serie A (dieci sconfitte in totale se si considera anche lo 0-4 con il Perugia in Coppa Italia), venendo sostituito da Roberto De Zerbi.

Il 19 dicembre 2018 viene nominato nuovo tecnico del Frosinone. Tre giorni dopo, al debutto, pareggia in trasferta con l’Udinese per 1-1. Non riesce a salvare la squadra dalla retrocessione in Serie B e il 2 giugno 2019 risolve il proprio contratto con la squadra frusinate.

L'8 ottobre 2019 torna alla Cremonese dopo nove anni. Viene esonerato l'8 gennaio successivo, con la squadra al diciassettesimo posto, per richiamare Massimo Rastelli.

Il 15 dicembre 2020 viene nominato nuovo tecnico della Reggina, in quel momento sedicesima in Serie B con 10 punti, sostituendo l'esonerato Domenico Toscano. Quattro giorni dopo, al debutto, perde contro il Cittadella, ma i risultati seguenti saranno soddisfacenti: con 10 vittorie, 10 pareggi e 6 sconfitte termina il campionato all’undicesimo posto, con 50 punti.

Il 31 maggio 2021 lascia la squadra calabrese e nello stesso giorno viene nominato nuovo tecnico del Lecce, in Serie B. Conduce i salentini alla promozione in Serie A, ottenuta all'ultima giornata grazie alla vittoria casalinga per 1-0 contro il Pordenone, successo che permette al Lecce di chiudere il campionato cadetto al primo posto, per la seconda volta nella storia del club.